而淮安府（淮安卫）、徐州（徐州卫），则为京师咽喉也，特此乞求敕放明淮安府巡抚：杨一鹏，命他急忙预备，以防流寇东犯。
2月13日，四川承宣布政使司农民军在夔州府攻陷了巫山县，进入了夔州府首府奉节县（翟塘卫），劫掠了一宿才离去！
因流寇们分散蔓延在陕西承宣布政使司、山西承宣布政使司、四川承宣布政使司、河南承宣布政使司，湖广承宣布政使司（湖广行都指挥使司），一带且定居不稳流动性很大，故此朝廷内阁与兵部商议后，认为“各镇官兵抚事权不一，互相观望，宜以重臣开设督府，统摄诸道兵马讨贼。”
于是明毅宗：朱由检，下诏以明陕西三边总督：洪承畴，为主，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，为副，两人一同总督陕西都指挥使司、山西都指挥使司、河南都指挥使司、湖广行都指挥使司，以及湖广都指挥使司、四川都指挥使司，五个都司军务（准确来说是6个）不过因为湖广行都指挥使司所辖卫所不明确，故此归纳入只算湖广都指挥使司1个，视贼所向各方剿抚。
3月初9日，明南直隶都察院右都御史：唐世济，上奏道“流寇有四类，其一为乱民、其二为驿卒、其三为饥民、其四为难民，宜分别剿抚。”
朝廷把这份奏章呈报给明五司总督兼陕西三边总督：洪承畴，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，两人各一份，让他们按情况而定。
此刻四川承宣布政使司明军，在保宁府巴州打败农民军，但四川承宣布政使司境内自去年秋八月起，也是出现了不雨大旱的节奏，使得百姓们大饥人人相食！也算是变相增长了百姓参与流寇的人数。
4月19日，明郧阳府巡抚兼都察院右佥都御史：蒋允仪，以失陷郧阳府诸县！则力不能敌，便上奏朝廷推荐明都察院右副都御史：卢象升，要求他带〈天雄军〉前来镇压流寇。
农民军们则渡过保宁府广元县利州卫河，驻扎在陕西承宣布政使司汉中府宁羌州（宁羌卫）阳平关巡检司、四川承宣布政使司保宁府广元县（利州卫）白水关、朝天关，等地兵分四路劫掠。
还遭到了地方土司军民百姓的反抗。
再加上这一带十分荒凉，也确实没什么物资，迫使流寇们又东逃到夔州府首府奉节县（翟塘卫）一带活动。
楚贼们则活动在湖广行都指挥使司郧阳府房县（房县守御千户所），被明湖广总镇副总兵：张全昌，出战接连击败之。
朝廷还发动国库内帑五万两钱粮，命明都察院陕西道监察御史：梁炳，带着饷银，前去陕西承宣布政使司赈济灾民。
同时四川承宣布政使司农民军三万人，来到湖广行都指挥使司屯兵在郧阳府黄龙滩，在分为三道；一是在襄阳府均州（均州守御千户所），但活动于河南承宣布政使司的、二是在郧阳府，但活动于陕西承宣布政使司、最后一个是四川承宣布政使司流寇，但活动于陕西承宣布政使司汉中府、兴安州一带的。
4月26日，四川承宣布政使司流寇再次进入陕西承宣布政使司抢劫汉中府宁羌州（宁羌卫）、略阳县、凤县。
一时间又吓得明瑞安亲王：朱常浩，再次发出消息告急，祈求各地驻军前来救援。
而此时因漠南蒙古察哈尔部呼图克图汗：孛儿只斤·丹巴图尔台吉（大明称；插汉儿虎墩兔）既；林丹汗，他率兵西犯陕西行都指挥使司甘肃总镇以掠夺粮食。
这让原本镇守在汉中府剿贼的明陕西三边总督：洪承畴，不得不立刻北上驱敌。
可刚到汉中府褒城县青桥驿官道时，就听闻有流寇数万营直奔汉中府宁羌州（宁羌卫）而来，又急忙返回沔县（沔县守御千户所）援救。
吓得农民军们立即又跑去宁羌州（宁羌卫）阳平关巡检司过河，不是南下，而是逃奔陕西承宣布政使司巩昌府，被明陕西三边总督给追至巩昌府徽州成县一带。
但是流寇们的势力已经非比寻常了，基本上不跟明军主力军作战，而且打不过就跑，打得过就出击或者偷袭，所以明陕西三边总督就传檄明西安府副总兵：贺人龙、明汉中府总兵：刘成功，带兵三千人，急赴西安府蓝田县夹击流寇。
而巩昌府徽州两当县、汉中府凤县，还是遭到流寇们的攻陷。
同时流寇还兵分两道，一路向凤翔府（凤翔守御千户所）杀去、一路向汉中府地区杀去。
听闻消息后，明汉中府知府：吴敬之，当机立断直接断其官道，并派兵把守汉中府褒城县鸡头关巡检司，使流寇军队进不了关，只能转而进犯汉中府城固县、洋县，一带地区。
明军分路合围进逼流寇，让流寇败走兴安州石泉县、汉阴县，其中有二万农民军由汉中府凤县，北上凤翔府宝鸡县、西安府泾阳县，却被明军给招抚。
这次明陕西三边总督按照实情处理，不在全部斩杀。
同时明郧阳府巡抚：卢象升、明延绥总镇巡抚兼五司总督：陈奇瑜（因明陕西三边总督：洪承畴，在陕西承宣布政使司围剿流寇，走不开身，故此暂由他代替五司总督官衔），以五个都指挥使司兵力汇集于四川承宣布政使司境内围剿。
其中由湖广行都指挥使司明军为主力压缩过去，把流寇赶回去陕西承宣布政使司汉中府地区，也让明瑞安亲王：朱常浩，成天活在担惊受怕的环境中。
更使得明瑞安亲王开始不近女色，经常前去寺庙内烧香拜佛祈求平安。
而身处在西安府商州、雒南县（避大明光宗泰昌贞皇帝：朱常洛，名讳），的流寇们则谋划入四川承宣布政使司，故此流寇们活动在西安府终南山之上。
5月11日，农民军进入大旱的巩昌府阶州文县（文县守御千户所），而这巩昌府自从去年入秋以来早霜，且冬季无雪、春雨不下！斗米升至七钱。
而延绥总镇西路榆林卫一带也数年不下雨，致使难民造反，农民军得以补充人数。
紧接着流寇们分兵两路；一路进入延安府劫掠鄜州、一路则进入庆阳府劫掠宁州。
等明军到来之时，流寇们早已满载而归回到西安府终南山上，又继续窜入西安府商州、雒南县，一时间群盗毕集深入终南山。
之后流寇们又复出攻打汉中府凤县、沔县（沔县守御千户所）、凤翔府麟游县、西安府乾州永寿县、耀州同官县，等地之间搅的天翻地覆。
待明军们在大举围剿凤翔府之时，流寇们就向西逃入凤翔府汧阳县、陇州，一带地区躲藏。
随后明陕西三边总督就从汉中府调兵，北上进入陕西行都指挥使司甘肃总镇，先打退漠南蒙古察哈尔部，在图剿灭流寇之事。
此时明陕西总镇巡抚：练国事，则奏称“今日最难有五大事？其一；缺兵，自盗贼们起兵造反延绥总镇、榆林卫以来，我军兵力严重不足！又被转调至甘肃总镇，而宁夏七卫、甘肃总镇又丧师，今防插汉儿部（察哈尔部）尚且不足！又怎能分以兵力剿贼也？榆林卫兵止五千，被五司总督陈大人率以剿贼，而防秋又当西还，则兵愈少，其二；缺饷，西安府、凤翔府兵荒，故此所留新饷即使支尽，也不能抵御三镇之用，都司府无兵可借，饷银怎能出？其三；缺官，荒盗频繁有参罚戴罪，有追赃客死，有失城就逮，道府且不乐就，何况有司？今官员欠缺三十多员，何以治民办贼？故缺官宜急补，而参罚亦减少也，其四；宗禄，奏俗嚣悍、贫宗尤甚、垂涎赈金、渐不可长，其五；驿地，秦、晋驿递，例不全给，今募夫之苦，更加千倍，故人人思遁，凡在冲路，宜全给以安其心。”
同时明陕西三边总督进军凤翔府岐山县，而驻扎在西安府三原县的流寇竟然有十二万人，但明陕西三边总督统帅的兵力才仅有三千人！
故此只能依靠设伏，逼流寇从西安府耀州东奔同州。
眼下汉中府兵力有三千四百人，由明汉中府副总兵：左光先，统率、临洮卫和巩昌卫有兵力三千五百人，由明巩洮府总兵：孙显祖，统率、平凉卫兵力一千人，由明平凉府副总兵：艾万年，统率，但只可守城，出击尚且难以自保！
至于明西安府总兵：张全昌，所部六千人，则只专注于流寇行进动向为援剿之师。
6月13日，明五司总督：陈奇瑜、明郧阳府巡抚：卢象升，联合进剿湖广行都指挥使司郧阳府竹山县（竹山守御千户所）、竹溪县，的各路山贼与流寇，明军连战大捷斩杀一千七百人、俘虏七百人，淹死五千人、堕崖死伤者二千人。
7月初7日，陕西承宣布政使司投降的农民军，再次造反又攻陷了凤翔府陇州。
见此情况明陕西三边总督：洪承畴，连忙上奏道“入陕猖獗之贼，大抵可有十四五万，明知官军一二万不能四驰，才持其势众旁伏递进，使其剿贼之难，且贼多精骑，每跨双马，而我官军才马三步七追逐之难！贼攻堡掠野到处可资，官军待饷转连，则粮刍之难，贼入山负嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难，且请盐课提举司发放银三十万，交与靖虏卫曹指挥使，让我军鼓其敌忾。”
这时流寇们到凤翔府宝鸡县，以借口称奉督抚之令招安想混入城内，守城明军们知其诈，不敢开门。
只敢放下吊桥，在用篮子拉他们上来城楼，先登城的36人尽杀之，其余流寇们见状，则尽数撤离。
事后明五司总督因借为辞，上奏弹劾地方官绅阻挠剿抚以激上怒，在命南镇抚司锦衣卫提骑（校尉）逮捕明宝鸡县知县：李嘉彦，以及明凤翔府乡绅员外郎：孙鹏，等五十人下刑部大狱。