还在南直隶奔逃的流寇们，又攻陷了庐州府巢县、舒城县，以至于明舒城县知县：章可试，关闭三门，只开西门诱敌深入，让其陷于深坑当中斩死1千人。
因而让流寇们吃亏，转而去掠夺庐州府六安州霍山县、庐州府首府合肥县（庐州卫）。
未时，农民军们围攻六安州（六安卫），破州城之后流寇们聚集干柴百梱，在城内点火焚烧，听其哀号为笑乐！又把数千官员夫妇去掉衣裳，驱赶到城下集体侮辱，若有抵抗立即杀之，掠夺三日才逃走。
朝廷得知南直隶有变，就让户部拿出内帑二十万两黄金当做剿饷、又发太仆寺十万两黄金，输送到陕西承宣布政使司西安府。
其中湖广承宣布政使司出饷银十九万两，发放给重镇官兵，而各部盐课提举司出饷银十万两，送交南直隶淮安府、扬州府，等地以防流寇。
正月27日，明五司总督：洪承畴，调集南北两军七万人、马一万五千匹，再让户部发给每位士兵一日三分银（约等于21文钱，21个铜板）、米一升五合、马日草一束、后勤火头军一日二分银（约等于14文钱，14个铜板）、豆三升、二分银总计五个月，约为十一万两白银。
随后明军们士气大振，火速追击流寇，迫使农民军急忙从庐州府舒城县抵达庐江县，城内的军民们见状，连忙以金银恳求流寇不要屠城，在佯装答应流寇们进城。
待夜半时分，流寇们驻扎下来之后，军民们就直接袭击城内的流寇，逼得流寇们连夜逃走，前去庐州府无为州。
此刻明五司总督才刚抵达河南承宣布政使司，就吓得中原境内的流寇们，又跑去西安府潼关卫境内。
而明五司总督则派遣了明河南府副总兵：来胤昌，以1千2百人前往陕西承宣布政使司西安府镇守，在令明重庆府总兵：秦翼明、明重庆府左参将：游来，朝官道向南直隶徐州（徐州左卫）方向出发，速去围剿江南流寇。
此刻农民军：满天星（张大寿）、西营八大王（张献忠）等部，正在攻打安庆府桐城县，但是久攻不下。
故此流寇骑兵们只能绕着城下呼降，守城明将们则用弓箭、火铳，射中其满天星的腰，让他夜走安庆府潜山县、太湖县，之间。
不过山中多有山贼、猎手，专射虎豹，且药弩窝弓都设有，听闻流寇肆意妄为，便联合在这一带结寨杀贼，让流寇们吃了亏，不敢与山贼们硬碰硬。
毕竟后方还有大批明军追兵，所以流寇们便向西，进入湖广承宣布政使司黄州府麻城县内避难。
2月10日，部分还在南直隶的流寇们，攻陷了安庆府潜山县，在转入湖广承宣布政使司黄州府罗田县。
同时明山西总镇总兵：曹文诏，正在河南承宣布政使司围剿开封府陈州（陈州卫）、许州，等地流寇，而湖广承宣布政使司的流寇们依旧还未逃出南直隶，还在攻打安庆府太湖县。
以至于中原流寇们迫于诸路明军的收缩合力围剿，不得不从南阳府南下。
又在明唐亲王：朱聿键，出钱粮的情况下，使得明军士气再次高涨，逼迫流寇不得不从湖广承宣布政使司德安府应城县，转移阵地进驻到襄阳府枣阳县境内。
在河南承宣布政使司汝宁府的流寇们，也南下进入了湖广承宣布政使司黄州府。
这下明荆简亲王：朱慈烟，又开始难过了！他不停地写信，让各地驻军抵抗流寇，严禁劫掠藩地物资，以做到保境安民。
还在凤阳行都督府颍州（颍川卫）的流寇，开始逃入南直隶庐州府六安州英山县、霍山县、湖广承宣布政使司黄州府蕲州（蕲州卫）一带，劫掠附近州府县地区。
其中在河南承宣布政使司河南府卢氏县（卢氏守御百户所）、陕州灵宝县，一带的陕西流寇们，开始西去劫掠西安府潼关卫，以及西安府一带州县。
而西安府商州雒南县的流寇又折入汉中府，约有六七万人，致使西安府诸州县并遭蹂躏！有流寇四大营北渡渭河，突破西安府邠州、耀州，之间的明军防御。
山西承宣布政使司的流寇们，则继续在平阳府境内劫掠，情况一度对朝廷来说非常不利！
此刻朝廷派遣来的明凤阳行都督府总镇巡按兼都察院广东道监察御史：吴振缨，在来到凤阳行都督府中都留守司皇陵卫时，见到一片被烧过的废墟。
被吓得他赶紧从马上下来哀嚎哭泣，还立刻上报朝廷皇陵卫的情况。
次日子时，在京城内大批文武官员们，先后开始更衣起床，走过皇城各门进入紫禁城午门处，等候旗手卫们准时敲钟击鼓。
到了夜半时分也就是寅时初，旗手卫们就开始击鼓并且打开午门的城门了，文武官员们按照官职等级，陆续从午门旁边的左右掖门进入。
一直来到皇极门（御门）前，依次按照队列排序站好，等候更换了皮弁服的大明天子来到御门外，接受文武百官们的朝拜。
在几声山呼万岁礼毕之后，由明毅宗：朱由检，便走到御门前面。
而司礼监与宫女们负责撑着伞团，走在后面，亲军二十六卫则一直守在皇极殿与御门处，以及皇帝陛下身边护卫着。
所有上朝官员还要填写〈注籍〉也就是自己的官职和名字，由明中书舍人：肖俊鹏，负责记录；入朝官员，是否有打哈欠？吐痰？放屁？等不雅行为。
待换上了龙袍（不是衮服，而是红、蓝、黑、黄，四色龙袍）的皇帝陛下，坐上龙位之后，早朝便算开始了。
以明司礼监秉笔太监：曹化淳，为主，缓缓走出皇极殿外，大声宣布入朝议政。
于是乎，四品以上的在京官员以及来京官员们，全部入御门内排列，既皇极殿外，而明毅宗则在皇极殿内，高坐龙椅与群臣们商议早朝之事，所谓有事启奏无事退朝…。
待一番商议结束后，明毅宗就率领着文武官员们下朝了，时间大约在辰时左右。
之后更换了黄龙色（常服）的皇帝陛下，就在文华殿内举行了「经筵日讲」所有六部尚书、都察院左、右都御史、内阁大学士以及有爵位的朝臣勋戚们都要前来参加，还有六科都给事中、特进光禄大夫们，很多人也在听讲的行列中出现。
皇帝则在身材魁梧的北镇抚司锦衣卫队，编属的北镇抚司锦衣卫大汉将军20人的保卫下，首先摆驾来到文华殿内。
在这文质彬彬的场合中，北镇抚司锦衣卫大汉将军们也都免除了甲胄，改换上袍服，但仍携带有金瓜锤、长柄刀，等必不可少的武器，随时准备护驾。
大明皇帝则在文华殿内，面南坐定，传谕百官们进入殿内行礼作揖，至此鸿胪寺官员们才将书案摆在御座面前专供圣鉴。
另一张则摆设在数步之外，为讲官们所用，所以参加听讲的官员们鱼贯而入，分列于书案左右，经筵和其他所有的仪式一样，必有其目视耳听的对称均衡，先一日用楷书恭缮的讲义，此时已经陈列于案几之上。
在赞礼官呼唱之下，两员身穿红袍的讲官和两员身穿蓝袍的展书官出列，他们都是翰林院中的优秀官员。
以讲官面对皇帝，展书官在书案两侧东西对立，首先是讲官作揖叩头礼毕，左边的展书官膝行接近书案，打开御用书本讲义，用铜尺压平。
此时左边的讲书官也已经趋前，站在中央的位置上开始演讲…。
待讲完之后，书本盖复如前，讲官及展书官退列原位，以便右边的同僚们履行任务，左边讲官所讲授的是〈四书〉，右边讲官所讲授的则为历代历史，此种节目历时大半天才结束。
期间只有讲官们可以口讲指划，其他全部人员都要凝神静听，即便是皇帝也不能例外。
当经筵快要结束之时，京城内突然有通政使司官员来报，说有飞骑加急？居然是；南直隶凤阳行都督府中都留守司，被流寇们焚掠了一番的消息！
明毅宗听后，立刻取消经筵日讲，并迅速更换上了（青袍）首先跑去奉先殿内，向祖宗们的灵位哭诉，在亲自去皇城祭告太庙，又命令文武百官们都更换上了（吉服）前来哀悼大明列祖列宗。
随后就下令逮捕明凤阳行都督府总镇巡抚兼都察院右佥都御史：杨一鹏，下北镇抚司诏狱，在命明山东总镇巡抚兼兵部右侍郎：朱大典，总督凤阳行都督府漕运并代理凤阳行都督府总镇巡抚官职，与明五司总督：洪承畴，一起合力剿贼。
而明五司总督则立刻上奏，请求道“四川总镇巡抚、总镇总兵俱移驻夔州府，进援湖广承宣布政使司襄阳府与陕西承宣布政使司汉中府，而湖广总镇巡抚、总镇总兵则分驻承天府兴都留守司、襄阳府，郧阳府巡抚则移驻去郧阳府、襄阳府，凤阳行都督府漕督则移驻到凤阳行都督府颍州（颍川卫）、亳州（武平卫），进援汝宁府、归德府，而山东总镇巡抚则移镇到淮安府进援南直隶地区，山西总镇巡抚则移到平阳府蒲州（蒲州守御千户所）进援河南府陕州灵宝县，陕西总镇巡抚则移西安府商州，围剿汉中府与兴安州（兴安守御千户所）等地的流寇，河南总镇巡抚则移汝州（汝州卫）、南阳府之间，保定府巡抚、总镇总兵移驻北直隶广平府邯郸县可南北策应。”
这些计策全部被朝廷批准，并且下令让明五司总督务必要在五个月之内，把这帮中原流寇们一网打尽。
3月12日，湖广承宣布政使司流寇攻陷了黄州府麻城县，而黄州府蕲州农民军：爬天王（黄大盗）拥有部众八百人，但在出动军队劫掠蕲州（蕲州卫）时，因兵力分散而被村民们擒获住。