而兆佳女真部城主：李岱，事先接到密报，已经聚兵登城早有戒备，这让明建州左卫军民千户：佟·努尔哈赤，见状不得不亲自身先士卒，率领军队奋力强攻。
其中明建州左卫军民总旗：钮祜禄·额亦都，率先登上城墙领兵跟进，守城的兆佳女真兵们力不能支，竟出现了全线溃败的情况，还导致兆佳女真部城主被俘。
同时在北直隶京畿顺天府紫禁城内，明神宗：朱翊钧，急召明通政使司左通政：海瑞，为南直隶都察院右佥都御史，命他即刻赴任。
当时明南直隶都察院右佥都御史：海瑞，已经七十二岁了，他直言上疏称自己衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，并列举出明太祖吴王洪武高皇帝陛下：朱元璋，的刑法。
剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法多达八十贯，均用以判处绞刑的规定。
并且还说应当用这样的方法，来惩治贪官污吏，其它谋划时政，言语极为切实，只有劝皇帝用暴虐刑法才能治国。
然而当时南北直隶都察院的官员们评议，都认为这样做是错误的？故此由明都察院经历使：梅鹍祚，出面弹劾明南直隶都察院右佥都御史：海瑞。
好在明神宗明察秋毫，认为明南直隶都察院右佥都御史言论虽有过失，却清楚的意识到海大人的忠诚，为此只是免去明都察院经历使的俸禄，并改任海瑞为南直隶吏部右侍郎。
3月10日，朝廷下令明元江军民府知府：那恕，去招抚明车里军民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年间，车里军民宣慰使司就曾以大车里（既；宣慰使司南部）应缅甸军民宣慰使司，而以小车里（既；北部普耳县一带）应大明帝国。
这次在明军对缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明帝国，并进献训象、金屏、象牙诸物，以求谢罪。
在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的大明车里军民宣慰使官职。
4月初10日，礼部重修「大明会典」，要刑部提供有关法律资料，明刑部尚书：舒化，与明吏部尚书：杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年，历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。
5月19日，明神宗早朝退了之后，就以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事。
明陕西总镇巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，趁机上奏疏称“总镇巡抚、总镇巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，总镇巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”
此刻明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若总镇巡抚、总镇巡按，官员不亲历地方，而专委小官，岂不误事也！”
但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖总镇巡抚、总镇巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若总镇巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”
然而明神宗则说“总镇巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”
立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”
由此引起了明神宗的注意。
6月17日，四川都指挥使司永宁卫建武守御千户所内，参加哗变的士兵将领如；明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。
又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州（茂州卫）岳希蓬长官使司蕃人联合起来，集结成48寨，共同北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、郁即长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。
随后明四川总镇巡抚：雒遵，得知消息后，急忙派遣明四川总镇总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军们扩大战局骚扰军民。
6月23日，明建州左卫军民千户：佟·努尔哈赤，为了报复堂弟章佳氏四世祖：爱新觉罗·萨木占，袭杀妹夫明建州左卫军民百户：噶哈善·哈思虎，之仇。
故此特意率兵4百人，前往马尔墩寨征讨。
其中；爱新觉罗·纳木占、爱新觉罗·萨木占，兄弟俩就与分支女真族人：章佳·油申、章佳·完济汉，一起对抗建州左卫军民指挥使司军队，苦战四日最终马尔敦寨城破。
章佳·油申、章佳·完济汉，两人逃往建州右卫军民指挥使司界凡城地界。
紧接着漠南蒙古内喀尔喀巴林部首领：孛儿只斤·把兔儿，为报父汗：孛儿只斤·速把亥，之仇。
就与从父漠南蒙古内喀尔喀乌齐叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓哩克图鸿巴图尔（炒花）、姑婿漠南蒙古翁牛特部首领：孛儿只斤·花大。
还联合了漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部左翼首领：孛儿只斤·以儿邓、叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄、叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布寨，以15万铁骑去掠夺大明辽东都指挥使司沈阳中卫物资，又转而攻打开原卫、铁岭卫，等地。
但很快就被明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，与明辽东总镇巡抚：李松，及时出兵给击败，还斩杀敌军八百人。
7月10日，明都察院湖广道监察御史：龚仲庆，再次疏劾明太仆寺少卿：李植，以及明詹事府右春坊右中允：吴中行、明太常寺少卿：沈思孝，三人为邪臣。
8月初9日，明神宗：朱翊钧，就采用了明太子少保兼礼部尚书：徐学谟，的建议，选择大峪山为造其陵墓之地，即日开始动工兴建。
然而明太仆寺少卿：李植，则以上奏称“寿宫地有积石。”
但明内阁首辅：申时行，则主张支持明礼部尚书，反被明都察院右佥都御史兼光禄寺少卿：江东之、明尚宝寺少卿：羊可立，一起上奏称“地宫吉利则不宜有石，有石则宜另择它处。”
但是明礼部尚书：徐学谟，则以私意主其非议，明内阁首辅也一味地支持此举。
两人还上奏辩解道“当初陛下阅查此地时，太仆寺少卿李大人、光禄寺少卿江大人，可并没有说此地有石，今已有两年，忽创此议，很明显是为了借此倾害大臣。”
也使得明神宗当即下令责骂明太仆寺少卿、明光禄寺少卿、明尚宝寺少卿，但是三位官员当时却傻傻的站着，均无一言敢发，直接就被夺去半年俸禄。
9月15日，明太仆寺少卿：李植，等人还仍坚持以大峪山寿宫有石，并建议皇帝陛下习葬法之人，为其「有石」说作证明，疏送上而不予呈报。
此时本与李、江、羊，三人相结交的明文渊阁大学士：王锡爵，居然耻与三人为伍，便反戈一击，说明太仆寺少卿三人从治张阁老、冯公公，之狱以来，辄自动依附于明詹事府右春坊右庶子：赵用贤，等撄鳞折槛之党，且日寻戈矛。
仅有朝中的明太子少保兼武英殿大学士：许国、明工部尚书：杨巍、明刑部左侍郎：舒化，等大臣为正义派。
与另一派互相弹劾对方，以劝说皇帝陛下不要换地为主，毕竟随意更换地区，是要动用许多人力和物力的。
于是明都察院山东道监察御史：韩国桢、明工科给事中：陈舆郊、明户部主事：王敬民，等官员也一起上奏弹劾明太仆寺少卿：李植，三人。
才使得明神宗：朱翊钧，雷霆大怒！直接将明太仆寺少卿：李植，贬为户部员外郎、明光禄寺少卿：江东之，贬为兵部员外郎、明尚宝寺少卿：羊可立，贬为大理寺评事。
然而明神宗仍然担心寿宫有石，便在9月21日，再次亲临大峪山，结果证明选择大峪山吉利，此地无石。
回宫之后，进而将明户部员外郎：李植，三人直接贬出京去，这也引起了另一部分人的不满，并用自己的行动为他们鸣冤不平。
接着明詹事府右春坊右中允：吴中行，就上疏请求离职被准许，而明詹事府左春坊左赞善：赵用贤、明太常寺少卿：沈思孝，也要求离职归里，但不得允准。
随后明詹事府左春坊左赞善就以明太子少保兼武英殿大学士：许国，等大臣力毁明户部员外郎：李植，三人为由，上奏抗疏说“朋党之说，是小人用以去君子，空人国也。”
语态甚是愤激，也是自明代万历一朝，党论兴起之初！
10月初9日，明郑淑妃：郑妙瑾，因懂得皇帝陛下心意，处处讨人喜欢，因而被晋封为明郑德妃，又加上再次怀有身孕以及已经生过一子，既；明皇二子：朱常溆，不过夭折了，和皇二女明云和公主：朱轩姝，更深得明神宗的宠爱。
而这明郑德妃：郑妙瑾，之所以能够赢得明神宗的欢心，并不只是因为她的美貌，更多的是由于她的聪明机警、通晓诗文等，她人少有的才华。
如果专恃色相与宠爱，绝不可能如此历久不衰，别的妃嫔对皇帝陛下百依百顺，但心灵深处却始终保持着距离和警惕。
唯独明郑德妃却是那样的天真烂漫、无所顾忌。
她竟然敢于直接挑逗和讽刺皇帝陛下，同时又能够聆听皇帝陛下的倾诉，替他排忧解愁。