3月初7日，明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，的两个儿子（长子：爱新觉罗·阿尔通阿、三子：爱新觉罗·扎萨克图）两人均被兄长明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤）派兵诛杀。
包括明建州右卫军民总旗：纳拉·武尔坤，也被处死。
但明建州左卫军民指挥使的余怒还未消除，仍打算将他的次子：爱新觉罗·阿敏，处死，只是在自己的第八子：爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）等人的极力求情下，才逃过一劫免于一死，不过他的一半家产却被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，更让明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，开始向着复仇出发，谁知出兵战败！导致失去了继续抗争的勇气。
他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东都指挥使司的明军，也处在岌岌可危的境地，根本没有出手的意思。
在万念俱灰的绝望处境下，明建州右卫军民指挥使又回到了兄长的帐下。
但是这次兄长明建州左卫军民指挥使也对他却不再讲兄弟情谊了，而是直接把他囚禁在一间暗室之中，用铁链锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
这下使得建州女真八部又壮大了许多，对此明神宗：朱翊钧，为了牵制建州女真八部的发展，才不得已派遣了明行人司行人：刘用，出使李氏朝鲜王国，正式册封李氏朝鲜光海大君为李氏朝鲜国王（大明李氏朝鲜郡王）。
但大明礼部，还是拒绝承认李氏朝鲜光海君，是大明帝国的郡王！
直到李氏朝鲜官员们贿赂礼部，才打通关系勉强承认，但也让李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，开始讨厌大明帝国。
3月10日，袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部首领：拱菟，集合兵力开始报复大明，遂率众五千余人进入辽东都指挥使司大胜堡，明广宁中屯卫游击将军：于守志，率兵出击兵败。
致使漠南蒙古河套部首领俘获了明大胜堡总兵：耿尚文，将其五马分尸，且在大胜堡一带大肆杀掠，还深入小凌河22里地。
然而明辽东总镇总兵：杜松，却驻扎大凌河堡（广宁中左守御千户所），没有前往救援，才导致明军大败。
12月初5日，南直隶扬州府刘家庄百姓造反，杀死明如皋县知县：张藩，致使军情紧急明漕运总督：李三才，立即奏报明泰州知州：刘民爱，又遭遇了明高邮卫指挥使：王正国，等将领失事。
并说道“因各处饥荒，故流民日众，且千百成群，正在行劫，非速免租，进行救济，安抚人民，否则后果将不堪设想。”
话说早在大明附属国琉球中山郡王兼英祖仁耶添按司添：尚永，死后，其女婿琉球小禄御殿：尚宁，遣人去大明帝国请求袭封爵位。
但是明福建总镇巡抚：许孚远，却让他请按照嘉靖年间明刑部尚书：郑晓，领封之例，遣官一员带着皇帝诏书至福建承宣布政使司，在由琉球中山王国使臣面领圣旨归国，或者派遣一位习海的武官与其使臣一同前往。
此举明神宗表示同意，可后因安土桃山幕府侵略李氏朝鲜王国，海上多事之秋，所以一直拖至万历三十四年公元1606年才始遣明礼科给事中：夏子阳，等官员册封，仍令琉球中山王国领封海上，永为定制。
二年后始完事，同时德川幕府征夷大将军：德川幕府，取代了安土桃山幕府时期的丰臣氏政权而且正在逐渐发展壮大，似有吞灭琉球中山王国的野心，
而琉球中山王国外御强邻，内则修贡不绝，人少力薄。
终于在明万历三十七年公元1609年12月11日，德川幕府萨摩藩藩主：岛津忠恒，被德川幕府征夷大将军下令派兵三千人由德川幕府大野权左卫门尉：桦山久高、德川幕府美浓守：平田增宗，的率领下，自九州岛山川港出发，入侵并攻占了琉球中山王国。
而琉球中山郡王：尚宁，等君臣百余人及其宗器均被一起掳到鹿儿岛去，其中琉球中山郡王还被德川幕府萨摩藩藩主带到了江户城。
事后明浙江总镇总兵：杨宗业，得知消息才赶忙奏报朝廷，明神宗得知急忙勒令总镇总兵、总镇巡抚官员们严查海上兵备。
此时行进到达河南承宣布政使司归德府（归德卫）的明潼关卫千总：吴俊振，正架着马车，又继续问道“马兄，那后来建奴，又是怎样把矛头指向大明的呢？”
于是明潼关卫把总：马维，就说道“说来就话长了且听我一一道来…。”
在明万历三十八年公元1610年2月18日，齐、楚、浙，三党与宣昆党相互攻击东林党人和明东宫皇太子：朱常洛，此后不断争吵，搞得朝廷乌烟瘴气，朝政逐渐混乱不堪！
接着，泰西神圣罗马帝国传教士：庞迪峨、熊三拔、邓玉函、高一志、艾儒略，蒲丽都家（葡萄牙）传教士：罗雅谷，奥地利哈布斯堡王朝传教士：汤若望，西西里（意大利南部）传教士：龙华民，等亦先后到达大明帝都京师紫禁城内，他们都精究天文历法。
11月初1日，在东方亚洲大陆中发生了日食现象，根据大明礼部钦天监所推算出的日食起止，分秒以及亏圆俱不准确。
礼部官因此博求知历学者，令与钦天监官昼夜推测，以期历法准确不差。
于是明钦天监属官春官正：周子愚，就上疏说“来华传教士：庞迪峨、熊三拔，等人，所带来他们国家的历法，多为中原典籍所未备者，请按照洪武中翻译《西域历法》之例，取知历儒臣，率同监官将诸书如数翻译，以补我国典籍之缺。”
然后礼部遂奏言称“我国精通历法的，如；明兵部职方清吏司郎中：范守己、明陕西按察使：邢云路，著有《古今律历考》，综采详密，为时所称，请改授京官，共理历事，又有明翰林院检讨：徐光启、明南直隶工部员外郎：李之藻，亦皆精心历理，可与庞迪峨、熊三拔，等人同译西洋历法，再由我朝参订修改。”
然而这个历法疏密，莫过于交食，欲议修历，必重测验，请命所司修治仪器，以便从事，明神宗先是将礼部的这份奏疏留中不发，
不久即召明陕西按察使：邢云路、明南直隶工部员外郎：李之藻，至北直隶京畿顺天府紫禁城内参与历事。
明陕西按察使据其所学，明南直隶工部员外郎则以西法为宗，从此西洋历法始入中原。
明万历三十九年公元1611年正月初1日，明北直隶总镇巡按兼都察院山西道监察御史：乔允升，奏称“北直隶河间府地方民众聚集至八千余人，已经起事逼近了京师附近，宜早作防备。”
这让明神宗：朱翊钧，听后立刻命令兵部派兵，在京城内外严行缉捕。
正月16日，明河南总镇巡抚：曾用升，上奏道“宗室横肆，防禁宜先。其一严禁宗室窝藏盗贼，其二严禁宗室抢夺财物，其三严禁藩王出城，其四严禁宗室出城，其五严禁宗室把持商税，其六严禁无禄宗室打死人，其七严禁宗室开张赌场，其八庶宗训责当申，其九王官辅宗当选，此九条律法当一一束以法纪，否则万一狂宗姑恶不悛，百姓铤而走险，为虎添翼，亡命之徒，为纣助虐，天下危亡之忧恐不可免。”
但此奏折送上去之后，却迟迟不见有批复。
5月13日，明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤，点齐兵将命令明建州卫军民指挥同知：瓜尔佳·费英东，跟随建州女真左卫军民指挥使司贝勒兼青巴图鲁：爱新觉罗·巴雅喇，前去讨伐东海女真渥集部。
后又占领了赫席黑路、鄂摩路、苏鲁路和佛纳赫托克索路，俘获东海女真渥集部二千多人。
7月11日，东海女真渥集部的乌尔古辰路、木伦路两支部落进犯建州女真八部所属领地。
明建州左卫军民指挥使得知消息后，急忙命令明建州卫军民指挥同知与七子台吉：爱新觉罗·阿巴泰、明建州右卫军民镇抚使：董鄂·何和礼，明建州左卫军民左参将：钮钴禄·额亦都，各自率军兵分一千人前往讨伐。
很快就击败了东海女真渥集部的乌尔古辰、木伦路，这两支部落势力。
随后又继续讨伐东海女真渥集部虎尔哈路，还攻破了克扎库塔城总共俘获了三千人凯旋而归，此战让建州女真八部的力量变得更加壮大起来。
9月13日，明王皇贵妃：王淑蓉，病危，明皇太子：朱常洛，请旨前往探视，期间明王皇贵妃手拉明皇太子的衣服，哭泣道“儿长大如此，吾死何恨。”
但明皇太子却大哭不止，左右宫女、太监们皆伏地哭泣。
到了酉时一刻，明王皇贵妃去世，但是过了四日都没有发丧，直到明内阁首辅兼东阁大学士：叶向高，提出意见一再上奏，这才得以发丧。
但是礼官呈上礼仪制度之后，接连五天都没有回复，最后还是明内阁首辅出面，才让明神宗始赐明王皇贵妃谥号为〈肃靖皇贵妃〉葬于「天寿山」。
10月初5日，明福亲王：朱常洵，的府第建成之后，工部请求皇帝陛下让明福亲王回到封国藩地内。
由明内阁首辅拟旨交上去，但明神宗却直接不发圣旨，并改在次年春天在让明福亲王回封国。
等到日期临近时，明内阁首辅就请求先整顿明福亲王的仪卫司、舟车，等仪仗队用度，但明神宗却不予采纳，依旧打算拖延下去。
12月13日，又遇到明建州左卫军民指挥使再次来朝进献宝物，以解除大明帝国对建州女真八部的猜忌，并恭祝大明天子天皇帝陛下万寿无疆。