不久断粮，导致明平溪卫左参将：范仲仁，率先带领六千精兵撤退，却被水西叛军们追击，以至于明军溃败。
最终贵州宣慰使司都司府贵阳府境内援绝粮断，其中新贵县贵竹长官使司、平伐长官使司、中曹白纳等处长官使司、水东长官使司，通往贵阳府的物资均被水西叛军们给切断。
7月21日，山东承宣布政使司登莱两府明军出动，先后平定了兖州府郓城县、巨野县等地，而叛贼白莲教教主兼中兴福烈帝：徐鸿儒，在形势不利的条件下，仍选择固守兖州府邹县、滕县（滕县守御千户所），与明军继续抗衡。
朝廷方面还调集了山东都指挥使司即墨营、北直隶保定府大宁都指挥使司的大量明军，围剿白莲教于滕县（滕县守御千户所）之中。
8月16日，待辽东都指挥使司的兵粮准备充足后，明熹宗：朱由校，这才下诏以明太子太保兼辽东总镇经略：孙承宗，负责总督山海卫以及蓟州镇（蓟州和蓟州卫）、辽东都指挥使司各地卫所、天津三卫、登州卫（登州府、莱州卫（莱州府）等诸处军务便宜行事。
又让明通政使司左通政兼都察院右佥都御史：袁可立，负责继任［登莱巡抚］职位，并赐尚方宝剑，以配合帝师收复辽东都指挥使司地盘。
还设下宴席送别阁臣明登莱巡抚：袁可立、明辽东总镇经略：孙承宗，一起出京师内城崇文门。
临行前明辽东总镇经略还上奏弹劾前任辽东总镇经略：熊廷弼、明兵科给事中：明时举、明都察院四川道监察御史：李达、明辽东总镇监军：方震孺、明登莱两府监军：梁之垣、明蓟州镇兵备道副使：邵可立，等人。
但部分处罚将领们，由于才华横溢所以准许其将功补过。
如；明广宁卫指挥佥事：王世忠（纳拉·克把库），他原本乃是海西女真哈达部贝勒：纳拉·孟格布禄，的次子，在哈达女真部灭亡后，就悄悄潜入大明帝国谋求恢复故地，被朝廷封为广宁卫游击将军，后因多次击退漠南蒙古守边有功，就升至（卫指挥佥事）。
此次广宁卫等地的丢失，他也是罪责难逃，但被明蓟辽总督：王象乾，推荐保他一命，请求封为「中军都督府署都督佥事」。
这是由于明中军都督府都督佥事：王世忠，之妹嫁给了漠南蒙古察哈尔胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）的原因，所以明宣府总镇巡抚：王之臣，就打算利用明中军都督府都督佥事与漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的姻亲关系，特意将其调往万全都指挥使司宣府镇，用以结交漠南蒙古察哈尔部。
眼下更是成为了明辽东总镇经略的得力助手，因此又晋封为「中军都督府左都督」。
至于明辽东总镇监军：方震孺，他之前在朝就以（初生牛犊不怕虎）的姿态上奏称；当今陛下乃是个傀儡？言外之意就是指［明司礼监掌印太监：魏忠贤，干政］这点非常符合明辽东总镇经略的品味。
毕竟他早就痛恨阉党了，更何况孙总镇经略与他都是东林党门人，因此打算保释他，却怎奈明司礼监掌印太监先下手为强，直接指使阉党明刑部员外郎：徐大化，诬告明辽东总镇监军：方震孺［攘差］。
而朝中的东林党队友，明吏部左侍郎：邹元标，则为之力争，但明熹宗本来就是靠魏公公下令征收江南税负充实国库的，因此皇帝陛下是不会轻易动阉党的。
也正是因为阉党权势熏天，朝廷才没有道理可言，最终；方震孺、邹元标，皆被罢官，方震孺还以莫须有的贪污罪名下了刑部大牢。
而废将明抚夷总兵：李秉诚（由于从浑河之战中多次战败，故此不授其驻守任何卫所）只准其戴罪立功，明广宁右屯卫副总兵：杜应魁，（被查贪污罪？）但不多可以戴罪立功，明广宁中屯卫左参将：贾祥，是在护送前任辽东总镇经略：熊廷弼、前任辽东总镇巡抚：王化贞，入山海卫关途中负责阻击后金追兵的，有功可重用。
随后明辽东总镇经略就出发前往山海卫关外，巡行边塞，由明宁前兵备道佥事：袁崇焕，向明辽东总镇经略请示道“在宁远卫驻扎五千兵力，以壮十三山驿的声势，然后在派遣将领们带兵去救援十三山驿，而宁远卫距离十三山驿只有两百里地，可以轻易占据广宁中屯卫、广宁左屯卫，如果不行再退守宁远卫，断然不可轻易放弃十万难民啊！”
于是明辽东总镇经略就与明蓟辽总督：王象乾，商议了一下情况。
但明蓟辽总督却认为，驻扎在山海卫的军队乃是从广宁卫扯下来的溃军，眼下刚刚打了败仗，士气正沮丧着，不如调动漠南蒙古察哈尔部护关的军队三千人，前往宁远卫与其地大明卫所驻军们防守。
此举被同意后，一方面调兵前往宁远卫，一方面则前去救济灾民，然而救援却失败，十万难民只救回六千人。
明辽东总镇经略对此就询问明兵部尚书：王在晋，说道“八里铺新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马，移调四万人前来驻守？”
而明兵部尚书则说“应该另外设立一支四万人的军队。”
但明辽东总镇经略却说“这样一来，八里铺就有八万兵马了，那广宁前屯卫一片石西北就不派兵驻守了吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城山海卫了，如此一来山海卫旧城前面埋的地雷，这是用来对付敌人的？还是用来对付自己新兵的？新城如果可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”
面对这话明兵部尚书解释道“山海卫关外，有三道关可以进入。”
可明辽东总镇经略就说“如果这样的话，假如敌人兵临城下，我军士兵们还像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”
对此明兵部尚书就说道“准备在山上建三座营寨，用来监督防止士兵们溃逃。”
不过明辽东总镇经略却依旧反驳道“士兵还没有溃败，就修筑营寨等待他们，你这不是在教士兵们逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，那敌人也就可以尾随他们进来，你现在不为恢复做打算，却在这里闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷内争斗，京都以东还有安宁之日吗？”
面对孙总镇经略的指责，让明兵部尚书无话可说！
随后明辽东总镇经略：孙承宗，就召集诸将们商议，在关外防守的问题，由明宁前兵备道佥事：袁崇焕，首先主张驻守宁远卫，而明山海卫监军副使：阎鸣泰，则主张驻守觉华岛。
但明兵部尚书：王在晋，却反而主张驻守广宁中前守御千户所。
最后明辽东总镇经略还是采用了明宁前兵备道佥事的建议，上奏撤除王尚书官职，但却被明熹宗给调任王在晋为「南直隶兵部尚书」，并由孙总镇经略亲自出关镇守宁远卫。
还让蓟州镇（蓟州卫）、辽东都指挥使司各地原来的将领们监管各处，并见机行事，不必受到其他人的限制。
又提升明山海卫监军副使：阎鸣泰，为〈辽东总镇巡抚〉，还重用明兵部职方武选清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，为「赞画」，并请求从国库中带走八十万两银子。
除此之外还让明山海卫总兵：江应诏，制定军事编制、明宁前兵备道佥事：袁崇焕，负责建造营房、明抚夷总兵：李秉诚，训练火器装备、明兵部职方清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，一起处理军需物资。
明兵部武选清吏司主事：沈棨、明工部员外郎：杜应芳，负责维修甲仗、明兵部司务厅司务：孙元化，修筑炮台，明中书科中书舍人：宋献、明羽林卫经历使：程仑，购买军马、明广宁义兵备道佥事：万有孚，负责采伐树木。
至于明广宁中卫游击将军：祖大寿，就继续留在东部的觉华岛内辅助明广宁左屯卫右参将：金冠，海上驻防，明援辽左参将：陈谏、明援辽副总兵：赵率教，则驻守广宁前屯卫、明宁远卫游击将军：鲁之甲，负责拯救难民、明宁远卫副总兵：李承先，训练骑兵、明义州卫左参将：杨应乾，招募辽人编制成军队。
此外明辽东总镇经略：孙承宗，还发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件人，居然也站出来冒领军饷。
于是明辽东总镇经略阅兵后，就将河南府（河南卫）、真定府（真定卫），等地不符合条件的士兵全部遣返回乡。
又将明宁远卫游击将军所拯救出来的难民，给征召了七千人去驻守广宁前屯卫，再让明义州卫左参将招募的辽人军队去镇守宁远卫，并请求李氏朝鲜王国前来声援辽东都指挥使司。
还犒赏东江镇的明定辽右卫副总兵：毛文龙，为〈平辽副总兵〉挂「征虏前将军」印，负责驻守东江镇，让他四面防卫。
并传令给明山东总镇总兵兼山东都指挥佥事：沈有容，进据广鹿岛配合防守以及救援难民。
而后明山海卫总兵：江应诏，则被弹劾贪污军饷，明辽东总镇经略就上奏朝廷让明三屯营总兵：马世龙，代替，并让明抚宁卫总兵：尤世禄、明广宁前屯卫总兵：王世钦，为南北帅（左右参将）以听从马总兵调遣。
这些明熹宗：朱由校，都准奏并听从孙总镇经略的建议，还赐给马总兵［尚方宝剑］负责节制关内外门户。
而这两位帝师～明登莱巡抚：袁可立，与明辽东总镇经略：孙承宗，两人均同为天启二年殿试同考官，他们共同主持辽东都指挥使司战事期间东虏建奴鞑子压根不敢继续侵略。