10月24日，在登州卫衙门内，由于此次派遣北上援辽的登莱两府明军地位，都远远高于东江镇与皮岛部明军，再加上负责率军出征的明东江镇坐营左参将：沈世魁，不甘心臣服于辽东镇军阀明东江总镇总兵：黄龙，麾下。
因此故意克扣军饷，还把罪名推给黄总镇总兵头上，又加上援辽军队也就东江镇与皮岛本部装备待遇最差。
这很快就引起了东江镇与皮岛部明军将领们的不满，恰巧这时明东江镇水营左参将：李梅，又在军里搞起了走私活动，以补充军饷物资。
当即就被明东江总镇总兵将其打入大牢内，但是这个李参将却是明登州卫中军左参将：耿仲明，的亲信两人关系非常好，而明登州卫中军左参将弟弟明皮岛步兵都司：耿仲裕，又恰好在东江镇军队里任职。
他得知消息后为了救哥哥好友李参将，便写信给哥哥耿参将，而他就指使弟弟耿都司，以索要军饷为名，趁机起兵包围了黄总镇总兵的东江镇衙门，并将他绑了起来，押到演武场上批斗。
还让他跪下，准备下令割掉他的耳朵和鼻子，甚至拔刀怒骂，看起来要杀了他一样，左右身边的将领们发现情况不对劲，连忙上前阻拦，并说道“耿都司大人，咱们只是要问黄总镇总兵索要军饷，眼下以绑住，弟兄们也开仓取得粮饷了，没必要在赶尽杀绝，更何况这黄总镇总兵还是朝廷任命的武将，又是辽东都指挥使司孙督师的部将，若贸然斩杀了，恐怕朝廷方面也不好交代。”
于是明东江总镇总兵就这样捡回一条性命，并被士兵松绑搀扶着走下去，而李参将也被人从牢里放出来，换成了黄总镇总兵下狱。
因此明东江镇坐营左参将：沈世魁，便站出来出谋划策，也让带头闹事的明皮岛步兵都司：耿仲裕、明金州守御千户所前锋千总：王应元，等人觉得是时候推举出一个带头者了。
就在叛军们座谈之际，在东江镇中颇有影响力的人物，现分屯于海上的明东江镇水营都司：尚可喜，在收到消息后第一时间就率军赶回皮岛，并煽动亲信以及好友们准备反戈一击。
这让意识到情况不妙的沈参将，连忙调转兵峰也加入到了平叛当中，众将们先救出黄总镇总兵，在捆绑了叛将：耿仲裕、王应元，等带头者将其斩首示众。
其中黄总镇总兵为了表达感谢，还当即提拔了明东江镇水营都司：尚可喜，为〈东江镇水营游击将军〉。
在兵变平息后的上疏中，明东江总镇总兵还将明东江镇坐营左参将：沈世魁，列为平叛有功人员之首，不过也让嚣张跋扈的黄总镇总兵，在吃了这计惊险后变得谨慎起来。
同时他还上书朝廷，请求治明登州卫中军左参将：耿仲明，的罪。
然而明登州卫中军左参将对于黄总镇总兵杀死弟弟的做法十分气愤，但毕竟是弟弟行为过于胆大，因此耿参将只得向明登莱巡抚：孙元化，汇报情况要他上奏朝廷，弹劾黄总镇总兵贪污军饷，这才导致了士兵哗变。
于是朝廷派人来查，结果查来查去也没有查清楚具体情况，只是给朝廷交了个调查报告，便不了了之了。
事后参与调查的明辽东总镇兵备道：杨嗣昌，秘密上报朝廷表示此事实为安抚明登莱巡抚、明东江总镇总兵之间的利益冲突，所以才故意上报说查不出结果，其实这个索饷事件，的幕后主使便是沈参将，但却杀了耿都司等人替罪。
10月25日，被围困近两个月的大凌河堡（广宁中左守御千户所）彻底弹尽粮绝陷入到困境当中，据从城里逃出来的一个商人叫：张翼辅，的开口说“城里边先是杀战马，吃马肉，待马肉吃光了，就吃人，先吃手无寸铁的筑城民夫，也吃那些饿死的士兵，惟有几个大官还有米一二升而已，没柴就用人骨，烤人肉吃。”
很显然，此时的大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内已经变成了一座活地狱，因此后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，在通事以及汉官的汇报中，了解到情况后更加坚定劝降之事。
城内经过众将们的谈判明辽东总镇总兵：祖大寿，也做了最后决定，他主动写信邀请后金正白旗游击将军：瓜尔佳·石廷柱、后金三等副将：金砺，进城商议降金事宜。
当晚祖总镇总兵侄子明广宁中屯卫千总：祖可法、二子明广宁中屯卫副将：祖泽润、明援剿游击将军：刘天禄、明宁远卫右参将：张存仁，四人跟随后金正白旗游击将军一同到了后金军大营内。
后金天聪汗闻讯亲自出营迎接，四人半跪作揖便拜，后金天聪汗急忙上前一步搀扶，还以女真人最高贵的礼节抱腰礼相见，还设盛宴款待，四人被请至座中。
待谈好事情后于10月28日，明辽东总镇总兵杀死宁死不降的明辽东都指挥同知：何可纲，当即带领其余将领大开城门，率领众将们前去敌营。
后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，与后金大贝勒：爱新觉罗·代善、后金多罗贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，及众位贝勒众大臣们，一齐隆重迎接祖总镇总兵一行人。
双方登坛发誓祭天，待盟誓祭天完毕，后金天聪汗就握着祖总镇总兵的手进入大帐内，为祖总镇总兵设宴庆贺。
10月29日戌时，按照之前后金天聪汗与明辽东总镇总兵：祖大寿，谈妥的正事（不包含剃发易服）。
因此后金天聪汗就派遣了后金正蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·阿巴泰、后金正白旗台吉兼吏部尚书：爱新觉罗·多尔衮，等人率领4千名骑兵，更换上明军盔甲。
之后就会同明辽东总镇总兵麾下旧部350人，假装是从大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内逃出的溃兵，打算去骗开城门袭取广宁中屯卫（后金称锦州）。
亥时二更天，大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内却突然炮声轰隆，做出发生激战的样子，这4千多人便连忙向广宁中屯卫方向开进。
但是这一路上均大雾迷漫，浓雾使人对面不相识，后金军方面担心大雾中会发生意外，就通知祖总镇总兵一同退了回去。
恰巧明辽东总镇巡抚：邱禾嘉，带人打算到大凌河堡（广宁中左守御千户所）城外去骚扰一下后金军而已，结果刚走到半路就听到城内炮声隆隆，但是明辽东总镇巡抚却不知道那是祖总镇总兵在演溃兵计，还吓得赶紧溜回了广宁中屯卫。
然而此计不成，祖总镇总兵又心生一计，他竟然劝后金天聪汗放他单独前去夺取广宁中屯卫，后金天聪汗有些好奇便问他用什么方法入城？入城后又用什么方法把事情做成？
祖总镇总兵则回答道“本镇昨夜溃出，逃避入山，今夜可徒步进城。”
他还打包票说广宁中屯卫城内的军民，他都认识可以劝降，所以没有人敢不放他进去，然后不出两三日就能把事情办成，到时候在放信号弹通知。
同时明毅宗：朱由检，为了清楚边关事务，便安排心腹派遣了明御马监太监：王应朝，为监军督察山海卫、宁远卫、蓟州镇兵粮及各边抚赏，又命明司礼监太监：张彝宪，总理户、工二部钱粮。
而明司设监太监：唐文征，则提督京营戎政、明神宫监太监：王坤，前往万全都指挥使司宣府镇督察、明印绶监太监：刘文忠，前往山西行都指挥使司大同府督察、明直殿监太监：刘允中，前往山西承宣布政使司督察，各自监视兵饷。
从此宦官监军之风大开！
然而诸位监军都是克扣军饷，且每战先逃，处理政务基本不靠谱，反而大大的拖累了明军。
11月11日，后金天聪汗发出告谕称“女真语：奸民欲避差徭，多相率为僧，旧岁已令稽查寺庙，毋得私行建造，今除明廷汉官旧建寺庙外，其余地方妄行新造者反较前更多，该部贝勒大臣，可再详确稽察，先经察过准留者若干？后违法新造者若干？其违法新造者，务治其罪，喇嘛要清查并限制人数。”
11月23日，由于明军相继败于长山、大凌堡（广宁中左守御千户所）城，因此需要一个人来背锅，而之前孙督师门下的前任明蓟辽总督：袁崇焕，又刚被朝廷凌迟处死，故而官员们纷纷弹劾明辽东总镇经略：孙承宗，认为他丧师辱国被罢官闲住，夺去世荫官职。
11月27日，从山东都指挥使司登莱两府行军到北直隶河间府吴桥县的援辽明军们，因士气低落又遇到大雨雪，导致部队给养不足，一路上吴桥县人皆闭门罢市。
其中有一个明军士兵实在忍不住饥饿，便强取山东承宣布政使司东林党望族～明吏部功考清吏司员外郎：王象春，家仆的一只鸡来吃。
事情被发现后家丁立即要求，把这位士兵穿箭游街，这让军营中的明登州卫中军左参将：耿仲明、明莱州卫中军右参将：孔有德、明威海卫副千户：李应元，等将领们惶恐不安都害怕得罪朝廷中人。
于是就下令处死这名士兵，但在游街途中士兵们念及旧情，由明登州卫步营千总：孙龙，带头背地里暗杀了该家仆。
因此正当军队启程之际，退休在府的：王象春，就带着儿子：王乾，不肯善罢甘休，直接闯入军营内要求查明家仆死因真相，还放狠话道“打狗还得看主人呢，你的人杀了我的人，今日你要不给我个交代，你就别想走出吴桥县半步！”
这时恰巧遇到明威海卫副千户匆忙回来汇报情况，表示明登莱巡抚：孙元化，给予的市马之钱，没能买到规定数量的马匹以及粮食，其实是去赌场了不好意思明说，又恐遭军法惩处。