今秦贼在延安府鄜州宜君县，不过闯将李自成当责成秦抚，中原流寇在汝州（汝州卫）者仅有老回回马守应等部数贼，当专注于中原剿抚。
而督理两臣宜令专攻闯王，应让洪军门以陕西总镇总兵：王承恩、平凉府总兵：孙显祖，等边军、川兵二万人出关，由汝州（汝州卫）、南阳府急赴汝宁府光州固始县断其后。
在让卢军门以宁远卫指挥佥事：祖大乐、宁远卫左参将：祖宽，率兵二万由凤阳行都督府颍州（颍川卫）、寿州（寿州卫）奔赴庐州府六安州英山县截断其前。
随后淮安府总督：朱大典、凤阳行都督府提督：杨御蕃，等将领应屯兵于庐州府六安州霍山县防其东 突，应天府总镇巡抚：张国维，应派安庆府总兵：许自强，屯兵于安庆府潜山县、太湖县，防其流寇进入安庆府。
而湖广总镇巡按：王梦尹，当以黄州府总兵：秦翼明，屯兵于黄州府麻城县、蕲州黄梅县，防其流寇南冲。
至于南阳府邓州（邓州守御千户所）、德安府随州、襄阳府枣阳县之间，则由郧阳府巡抚：宋祖舜，处理各路兵马，若合围则贼定无所逃遁，在歼其首领则余贼自破也。
这时农民军：闯王（高迎祥）扫地王（张一川）等二十四营流寇，继续攻打南直隶徐州（徐州左卫），但久攻不克。
随后就向西攻陷归德府虞城县，入河南承宣布政使司。
另外农民军：一字王（拓先龄）、曹操（罗汝才）、扫地王（张一川）等五营，由河南承宣布政使司归德府赶赴开封府仪封县石家楼，被明宁远卫指挥佥事率军悄悄在归德府野鸡冈守御百户所拦截。
断其流寇前锋，在分兵设伏，以步兵诱敌，遇贼于雪园既战。
官军佯装兵败被流寇们争先驰逐，关键时刻明宁远卫指挥佥事鸣鼓举旗，从东西两翼杀出，再出辽东骑兵配合明军火铳队攻击流寇，打得流寇们大乱，被明军三面追击，斩首一千四百人。
这时湖广行都指挥使司的流寇们，分为二部；一路往襄阳府均州（均州守御千户所）、一路入四川承宣布政使司夔州府。
中原流寇们则汇集于开封府兰阳县，明四司总督：卢象升，立刻移驻到凤阳行都督府寿州（寿州卫）负责剿贼。
2月12日，湖广承宣布政使司黄州府流寇们，再次杀入安庆府潜山县又攻陷太湖县，而湖广行都指挥使司郧阳府、湖广承宣布政使司襄阳府的流寇们，则进犯郧阳府竹山县（竹山守御千户所）。
接着明甘肃总镇总兵：柳绍宗，率军出击，在陕西都指挥使司靖虏卫打败农民军：过天星（惠登相）与九条龙等八营流寇。
吓得其余流寇们西逃并劫掠兰河，又南扰巩昌府会宁县。
明五司总督：洪承畴，则檄榜明汉中府副总兵：左光先、明甘肃总镇总兵：柳绍宗，继续合兵击贼。
让流寇从庆阳府安边守御千户所北逃，在进入宁夏后卫花马池守御千户所。
由宁夏后卫明军联合围剿，明军力战攻打流寇，使诸贼们请降，被明陕西总镇巡抚：甘学阔，接受并安插其部数万人于延安府。
但流寇们马上就叛变了，还劫掠延安府延长县、延川县，两地。
3月15日，山西承宣布政使司流寇们攻陷了辽州和顺县。
在剿贼之际，明五司总毒：洪承畴，奏报朝廷称“流寇多在陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司山中，闻其附近州府县一有粮饷便劫掠，由南阳府淅川县水运以通湖广承宣布政使司荆州府、襄阳府贩卖，可艘船只拦截，宜派人在淅川县断粮。”
在明军采取行动之时，农民军：九条龙、整齐王（张胖子）就从襄阳府南漳县、光化县，攻陷了襄阳府谷城县。
在进逼郧阳府保康县，还把二千里内的居民房舍全被焚烧殆尽。
接着又攻陷了郧阳府竹溪县、房县（房县守御千户所），流寇们在得知保康县内粮食空虚就不进入了，这使得明四司总督：卢象升，听闻消息后，急忙率领诸将追逐流寇到襄阳府谷城县。
得知流寇再次来到襄阳府，可着实让明襄忠亲王：朱翊铭，对这些流寇们恨之入骨啊！他连忙发了襄亲王府库房白银一千两，给明四司总督当做奖励。
由于明军围追得太猛，迫使流寇们北走湖广行都指挥使司郧阳府，官军们三道并进，待大雾升起之时，流寇们迷路看不清方向，不知大军以至，仓猝应战。
遭到了明军们的镇压，流寇兵败逃奔板桥山中，明军继续追击砍杀，导致坠落山崖的流寇无数。
还斩杀了流寇贼将：黑煞神、飞山虎，又追奔流寇数十里地，一路上尸横遍野。
此时明河南总镇巡抚：陈必谦，亦讨南阳府内乡县、淅川县，一带的余寇，而明宁远卫左参将：祖宽、明承天府总兵：李重镇，则由兴都留守司承天府荆门守御千户所到达荆门州，防其流寇逃奔。
在会师明重庆府总兵：秦翼明、明夔州府总兵：杨世臣，等将领们一起搜山。
至此中原流寇渐少，大部分流寇俱逃入陕西承宣布政使司、湖广承宣布政使司的大山之中。
明四司总督：卢象升，就上奏称“陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司、湖广承宣布政使司、湖广行都指挥使司大山绵亘万里，流寇们出没无端，若奋剿穷追何地可歇！凡崇冈峻岭，密箐深林扳木悬崖，日行三四十里，马不能进人苦于登，此时折银无所用，本粮无从运，车驴无所施，势必以人负米二斗随兵来往，日食一升供兵，十日而二斗之粮尽，无论此十日内遇贼胜负，而以千兵入，须千人肩运万兵入，须万人肩运，即贼不出而俱归于尽矣。”
接着河南承宣布政使司南阳府首府南阳县（南阳卫、南阳中护卫）藩地内，明唐亲王：朱聿键，深明大义体察民情，当即就上奏朝廷，称“南阳府境内饥民众多，竟有其母烹其女者相食之，恳求朝廷发粮。”
但却被朝廷驳回奏章，还以藩王干政为由，命宗人府管制唐亲王藩。
随后明陕西总镇巡抚：甘学阔，因剿贼不利被明毅宗：朱由检，下令削职，以明顺天府府尹：孙传庭，代之。
此刻农民军：闯王（高迎祥）、蝎子块（拓养坤）自兴安州兴安守御千户所入汉中府褒城县，致使明瑞安亲王：朱常浩，再次发出求救信号，让明军们前来围剿流寇。
而明郧阳府巡抚：宋祖舜，也被削职，以追寇失利收缴其符印。
4月16日，以明都察院右佥都御史：苗胙土，代替〈郧阳府巡抚〉官职，当即就免除了郧阳府八个县的田租。
5月13日，朝廷下诏大赦山西承宣布政使司、陕西承宣布政使司胁从群盗，令地方多方安插人员看守，以消除造反之心，违者重治之。
同时陕西承宣布政使司农民军：过天星（惠登相）复叛于延安府，图谋渡河入山西承宣布政使司，而流寇：闯将（李自成）、老回回（马守应）、混十万（马进忠）等数部，则从湖广承宣布政使司、山西承宣布政使司入西安府商州雒南县，大山当中。
明重庆府总兵：秦翼明，击败流寇于襄阳府南漳县山中，明延绥总镇总兵：俞冲霄，则击败流寇于延安府安定县（安定守御百户所）。
朝廷急命明兵部职方清吏司员外郎：包凤起，缴诏下去招抚群盗。
6月14日，明五司总督：洪承畴，上言道“汉中府今实数共有步骑一万三千人，先选川军五千人俱为步卒，专用西安府蓝田县、商州雒南县，等处堵截剿贼，而陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司接界之寇，先是闯将：李自成，约有三万人、混天王：张应金，约有二万人、过天星：惠登相、满天星：张大寿，约有三万人，历次被我军剿散，今混天王逃延绥总镇势孤，复合闯将、过天星、满天星，等部一起逃奔延绥总镇，犹可督责收拾，而闯塌天：刘国能、闯王：高迎祥、蝎子块：拓养坤，俱出郧阳府、襄阳府已奔汉中府而来，我军定当力图协剿。”
7月18日，陕西承宣布政使司的流寇，攻陷了巩昌府成县。
接着明陕西总镇巡抚：孙传庭，击败流寇于西安府盩厔县，亲自擒拿住农民军贼首：闯王（高迎祥）以及农民军：刘哲，等部流寇，并押送往京师献俘于阙下，被明毅宗磔斩于市。
迫使农民军：蝎子块（拓养坤）败走河西方向。
明大同左卫指挥使：曹变蛟，配合围攻流寇，打得闯将（李自成）还剩下几百人，仓惶逃入西安府商州。
但马上就有流寇：高一功，带着一万农民军前来助他，其中流寇：高一功，的姐姐：高桂英，文武双全很得闯将：李自成，的喜爱。
为了拉拢人心，流寇：闯将（李自成）就跟高桂英走得很近，渐渐地也就产生了爱恋之情，这也是他的第三任夫人。
8月19日，农民军：老回回（马守应）焚毁开封府杞县西关乡，企图联络分散在中原之间的群盗时散时合。
9月11日，因东虏建奴鞑子入侵，使得京师在度戒严，朝廷急调明四司总督：卢象升，总督各镇兵马入援，还改封他为宣大总督兼管山西行都指挥使司军务。
此时南阳府藩地内的明唐亲王：朱聿键，则上疏请求率军勤王。
但一时没有得到批准！他便自行亲率唐亲王府仪卫司、唐亲王府护卫指挥使司（南阳中护卫）三千人北上勤王。
在走到南阳府裕州时，由河南都指挥使司、河南提刑按察使司、河南承宣布政使司，这三司向明都察院河南道监察御史：杨绳武，汇报情况。
在一起上奏朝廷，弹劾道“藩王无诏，私自出封地，乃属于造反大罪！”