于是明毅宗：朱由检，连忙传令明唐亲王：朱聿键，率军返回，但在途中却与流寇军队相遇，两军交锋之际，藩王护卫队且战且退，唐亲王殿下不得不下令班师回南阳府首府南阳县（南阳卫、南阳中护卫）。
此时河南承宣布政使司汝宁府流寇们出动劫掠，搞得黄河千里鸡犬不宁！关市尽空、荒村深谷，残黎多夜、伏丰草深林中，采野穗为食、田垄间乱木枒槎皆成拱矣，因为人烟稀少，所以虎狼也发展起成千上百只，前来掠食村民。
再次让明崇愍亲王：朱由樻，吓得屁滚尿流，乞师救援汝宁府藩地。
随后明宣大总督：卢象升，带领着天雄军北撤之后，农民军：老回回（马守应）等部又继续盘踞在湖广行都指挥使司郧阳府、湖广承宣布政使司襄阳府之间，休粮息马以备待战。
还与农民军：曹操（罗汝才）、闯塌天（刘国能）等部汇合总计二十万兵马，并沿着长江而下进犯湖广承宣布政使司黄州府蕲州（蕲州卫）、南直隶应天府六合县与江浦县（江浦卫）、安庆府首府怀宁县（安庆卫）与望江县。
所到之地各处告急，烽火遍及扬州府仪真县（仪真卫）境内。
而中原流寇们至开封府尉氏县、郑州、汝宁府信阳州（信阳卫）等地，以至明周孝亲王：朱恭枵、明崇愍亲王：朱由樻，两位藩王向朝廷求救。
也让中军都督府明军兵马活跃起来。
朝廷立刻以明兵部左侍郎：王家贞，为河南总镇巡抚，暂时管理北直隶、四川都指挥使司、湖广行都指挥使司与湖广都指挥使司、山西都指挥使司、陕西都指挥使司，五司军务（因为前任明五司总督：洪承畴，又去陕西承宣布政使司剿贼去了）
10月23日，中原流寇还攻陷了开封府许州襄城县，而湖广行都指挥使司流寇则攻陷了郧阳府首府郧县（郧阳卫）。
11月12日，宗人府经过审查之后，宣布废除，明唐亲王：朱聿键，的亲王爵位，贬为庶人！幽禁在凤阳行都督府高墙内。
朝廷改封其弟：朱聿镆，为唐亲王。
12月12日，朝廷东林党人开始弹劾明郧阳府巡抚：苗胙土，以湖广行都指挥使司流寇在郧阳府夺城为由，罢免了明郧阳府巡抚，以明都察院湖广道监察御史：陈良训，代替。
明崇祯十年公元1637年正月10日，农民军：老回回（马守应）等部围攻南直隶安庆府桐城县，明重庆府总兵：秦翼明，急忙率领川军追逐流寇于湖广承宣布政使司黄州府麻城县、黄冈县，之间。
接着农民军：老回回（马守应）、整齐王（张胖子）、北营八大王、南营八大王、大胆王、征西王、福寿王、密灵王、领兵王，这九营流寇被大明川兵白杆军团，联合明军骑兵打败溃散。
分为四部；一支走黄州府罗田县、一支走黄州府首府黄冈县（黄州卫）团风乡、一支走黄州府蕲水县、一支走黄州府麻城县岐亭乡。
南直隶农民军：闯塌天（刘国能）等诸部流寇，则兵分两路；一路走安庆府桐城县进犯庐州府庐江县、舒城县，一路从河南承宣布政使司汝宁府光州、固始县，东进庐州府六安州霍山县，分别袭击淮安府与扬州府。
这让明淮安府巡抚：朱大典，急忙前来援剿。
另一边的陕西承宣布政使司农民军：混天星，则杀入西安府商州，流寇：闯将（李自成）则纵横雒南县，农民军：过天星（惠登相）盘踞在凤翔府汧阳县、陇州。
农民军：独行狼，在汉中府、农民军：蝎子块（拓养坤）在巩昌府还企图联合与西番（朵甘都指挥使司）达思麻万户府青海蒙古部，合谋攻取陕西承宣布政使司。
其余湖广承宣布政使司流寇们尽在南直隶，而明应天府总镇巡抚：张国维，则专门驻师在镇江府首府丹徒县（镇江卫），沿江戒严盘查过往人员。
不久流寇就从凤阳行都督府颍州（颍川卫）、亳州（武平卫）直杀滁州（滁州卫）而来，连营火夜烛数十里群贼会聚。
在到池河守御百户所斩杀明军于大山寺，流寇们分别屯兵大江山、小江山、皇甫山、常山，等地使得扬州府仪真县（仪真卫）、应天府六合县的军民百姓们皆担惊受怕。
2月初5日，明援剿总兵：左良玉，在南直隶大破流寇于庐州府舒城县、六安州，连战三捷。
而明重庆府总兵：秦翼明，则打败流寇：闯塌天（刘国能）于黄州府黄冈县细石岭，擒贼将：一条葱、新来虎。
部分败逃流寇跑到庐州府六安州英山县，开始伐竹为筏，图谋渡江潜窜到大山中，被明应天府总镇巡抚：张国维，檄榜明援剿总兵：左良玉，入山搜捕。
但左总兵仗着有军功在身，不奉调、不进险山搜索，而是屯兵庐州府舒城县。
再加上明援剿总兵拥有降丁万人，在军中救得妇女数千人，连营环绕数十里，左家军所过之地到处劫掠百姓，抓壮丁入伍。
也使得明应天府总镇巡抚三次檄榜，让左家军出兵。
之后明援剿总兵才慢悠悠的从庐州府舒城县进发，无奈流寇们已饱掠出境！
此刻明山西总镇总兵：王忠，带兵支援河南承宣布政使司，却称病数月不进！被明兵科右给事中：凌义渠，给弹劾，逮捕了王忠入大理寺庭审，又革去左良玉之职。
3月13日，农民军：西营八大王（张献忠）率军从安庆府潜山县出动，连破安庆府太湖县、黄州府蕲州黄梅县。
导致明荆简亲王：朱慈烟，出动荆亲王府护卫指挥使司（蕲州卫）加强防御，不让流寇们进入蕲州卫境内，只让流寇在蕲州一带。
3月25日，农民军：西营八大王（张献忠）率军与明军大战在安庆府太湖县鄷家店，西营八大王以数万流寇兵围明军数千人，吓得明安庆府巡抚：史可法，连忙派遣援军。
不巧正遇大雨，农民军从四面进攻，短兵相接斩杀明安庆卫指挥使：潘可大，致使援军大败，损兵六千人！
流寇则乘胜东取和州含山县、应天府六合县，使得南直隶右军都督府兵马瞬间出动。
与此同时朝廷任命剿贼有方的明陕西总镇巡抚：孙传庭，兼管河南承宣布政使司。
4月15，因明五司总督：王家贞，剿贼不利，故此改由明福建总镇巡抚：熊文灿，为都察院右副都御史，并且总管；北直隶、山西都指挥使司、陕西都指挥使司、四川都指挥使司、湖广都指挥使司与湖广行都指挥使司，五司军务负责督剿流寇。
此刻南直隶也发生大旱，群盗们又退到庐州府六安州避暑，部分还南下安庆府散入潜山县、太湖县，诸岭阴林樾以息马时常出来劫掠。
因分散屯兵醉石岭诸路，所以离安庆府仅四十里而已。
同时北方各地大旱，赤野千里、饿殍遍野、民不聊生，而地方官吏们依旧逼粮催税、剥夺百姓财物，多处地方亦然民怨沸腾、干柴烈火、一触即燃！
接着明河南总镇巡抚：陈必谦，也被罢除，以明户科都给事中：常道立，代替。
朝廷商议发兵但苦于无饷，所以明兵部尚书：杨嗣昌，就建议把〈改粮〉变为［均输］，以济军食因加赋税二万两。
然而面对这样的危局，紫禁城内的明毅宗：朱由检，在久祈上天无雨时，便下令颁布了第二次〈罪己诏〉并宣称道“暂累吾民一年，以除此心腹大患。”
为由再次向百姓们纳税！
5月10日，湖广承宣布政使司流寇们，再次南下进犯荆州府首府江陵县（荆州卫、荆州左卫、荆州右卫），矛头直指两位藩王封地的明辽懿亲王：朱术雅，与明惠安亲王：朱常润，封地而来。
迫使荆州卫、荆州左卫（辽亲王府护卫指挥使司）、荆州右卫（惠亲王府护卫指挥使司、惠亲王府仪卫司、辽亲王府仪卫司、各自开始保护王驾。
也让流寇们没有得逞，很快围剿明军们就追了过来，使得流寇们只劫掠了辽亲王府附近官吏，还焚烧了辽亲王府后花园罢了！
7月初2日，明安庆府巡抚：史可法，被封为都察院右佥都御史，负责巡抚安庆府、庐州府，两府剿贼军务。
8月17日，流寇们再次潜入凤阳行都督府，劫掠明军粮草械器而出，在渡河分别往河南承宣布政使司汝宁府、南阳府方向逃窜。
这让在南阳府刚刚即位不久的明唐愍亲王：朱聿镆，吓得不轻，他可没有兄长：朱聿键，的气魄。
因此只能发布王令加强防御，在号召明军们围剿流寇。
10月20日，陕西承宣布政使司流寇：过天星（惠登相）、闯将（李自成）、混天王（张应金）、蝎子块（拓养坤）一起入四川承宣布政使司。
当即就遭到了保宁府利州卫明军与川军阻击，把流寇：混天王、蝎子块，二贼拦在了保宁府广元县（利州卫），还斩首贼兵1千人。
11月初3日，明东阁大学士兼兵部尚书：杨嗣昌，上奏请求限剿寇之期，在令；明陕西总镇巡抚：孙传庭，断西安府商州雒南县流寇，明郧阳府巡抚：陈良训，断郧阳府流寇，明四川总镇巡抚：王维章，断常德府、黄州府流寇，明安庆府巡抚：史可法，断庐州府六安州英山县流寇，明凤阳行都督府总镇巡抚：朱大典，断颍州（颍川卫）、亳州（武平卫）流寇，明应天府总镇巡抚：张国维，截断安庆府潜山县、太湖县流寇，明江西总镇巡抚：郭都贤，截断黄州府蕲州黄梅县、广济县流寇，明山东总镇巡抚：颜继祖，截断南直隶徐州（徐州左卫）、凤阳行都督府宿州（宿州卫）流寇，明山西总镇巡抚：宋贤，截断河南府陕州灵宝县流寇，明保定府巡抚：张其平，扼守黄河开封府延津县一带流寇。