包括五奉行既（幕府京都所司代兼弹正台弹正少弼：浅野长政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龟山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：长束正家、幕府式部卿：增田长盛）。
另由〈三中老〉幕府高松城主兼赞岐国藩主：生驹亲正、幕府从五位下带刀先生兼出云国松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少辅：中村一氏）负责五大老与五奉行之间的协调与沟通。
幕府太政大臣要求他们一起辅佐，自己的幼子：丰臣秀赖，其根本目地就是要以合议制度，来抑制幕府内大臣：德川家康，的抬头，以确保丰臣氏政权可以代代相传。
8月18日，在交代完后事之后幕府太政大臣：丰臣秀吉，便在京都伏见城内死去。
同时明水师提督：陈璘，还派遣战船数百艘，分布于忠清左右道、全罗左右道、庆尚左右道，等重要海口严防倭军。
9月11日，明备倭总兵：麻贵，则再次包围幕府第一军左副将：加藤清正，于蔚山都护府内，两军互有胜负，但最后却遭到幕府左近将监兼侍从：立花宗茂，的后续援军赶来救援。
先以千人夜袭明军后，在以假营伏兵攻击追来的明军，使其败退。
9月24日，西部各路明军并进围攻，其中明西宁兵备道副使：刘敏宽，挥师入朵甘都指挥使司答思麻万户府，明庄浪卫兵备道副使：梁云龙，则控弦乌鞘岭之北，明甘州卫副使：李景元，进击黄羊川屯，明延绥总镇总兵：达云，率领甘州五卫明军入黑马圈河，明西宁卫指挥同知：龙应坚，和明凉州卫通判：王伦，整其军旅前后堵截。
9月25日至9月26日，两河道的明军十万人马会攻大小松山堡，俘虏漠南蒙古土默特部军队俘获八百八十人，获牛、马、驼、羊一千五百余头，拓地五百里。
10月初2日，幕府太政大臣于8月18日死于京都伏见城的消息传至李氏朝鲜王国，瞬间就让在前线的倭军将领们士气低落。
随后又接到了五大老与五奉行的命令开始撤退，由幕府第一军左副将首先下令乘船撤退，而明备倭总兵则下令明军在后方追击，并以火器优势取得胜利。
10月11日，西路的明御倭副总兵：刘綎、东路的明备倭总兵：麻贵，这两路明军进展都比较顺利。
而中路的明中军都督府左都督：董一元，还亲率精兵3万人，攻打倭军新起的泗川县城时，由幕府第五军下参议：岛津义弘，率领7千兵力驻守。
由于明军火炮营在布阵后，中军都督府士兵皆是南直隶中都留守司附近驻军，素不习战，亦不太擅长火器。
因此明军火炮手们，先以大将军炮、攻戎炮，等火炮打破泗川县大门一扇、城垛数处。
之后又发各类火器，但在点火时，有些火炮却突然间炸膛，并引起了大营火药库的连番爆炸，硝烟掩盖半边天，导致明军全军上下顿时乱成一片。
这时幕府第五军下参议一看明军大营内发生爆炸，随即就命令倭军出击，使得混乱中的明军大乱，才让倭军从前小门杀出，并直冲中军都督府卫所明军而来。
此举直接导致了中军都督府各路卫所明军们，皆被屠杀溃走，三千中军都督府士兵，战后仅存五、六百人，是为〈泗川之战〉。
11月17日，留守的各路倭军们与明军争斗半月后，便无心恋战，都各自打算从蔚山都护府内撤退，还被明军分道进击。
然而就在倭军将领们撤退之时，明水师提督：陈璘，连忙派遣明水师左参将：邓子龙，偕同李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，联合出击，并在露梁海上截击想援救幕府第二军右副将：小西行长，的援军～幕府左近将监兼侍从：立花宗茂、幕府第五军下参议：岛津义弘、幕府从四位下筑守：小早川秀包、幕府对马守：宗义智、幕府肥前国名护屋城奉行兼志摩守：寺泽广高，等部倭将。
明水师左参将素来慷慨，所在立战功，是时他已年过七十，但仍不减当年英勇，亲率战船三百艘为前锋，追至釜山浦南海时，带领壮士三百人跳入李氏朝鲜龟船上，直前奋击幕府第二军倭寇，打得倭军死伤无数。
但其他战船却因误掷火器于主帅的战船，使得主帅战船起火，结果导致明水师左参将：邓子龙，阵亡！
而李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，又领兵来援，还亲率船队冲入敌阵，却被倭军包围，不幸身中流弹血染盔甲牺牲，其余明军则继续战斗。
随后明水师右参将：陈蚕、明松门卫游击将军：季金、明广海卫游击将军：马文焕，等将领纷纷率军赶至前后夹击，才让倭军被打得豪无斗志只想撤退，明军又趁机焚其船只。
倭军则因为成功让幕府第二军右副将脱困而且战且退，而得以逃脱登岸的倭军后为幕府第二军右副将救走。
部分倭军侥幸逃脱者刚上岸，又为明军步兵所攻击，被火烧死以及溺水者万计。
这时明御倭副总兵进攻幕府第二军右副将，并夺取倭军桥寨，明水师提督则以船队一同攻击，再焚烧倭军战船数艘。
关键时刻幕府第二军右副将部下，幕府第五军下参议：岛津义弘（鬼石曼子）带领水师来援，却被明军水师给击败，其余倭军纷纷扬帆逃跑，仅有幕府左近将监兼侍从作为殿后，接应幕府第二军右副将使其成功逃离李氏朝鲜王国。
此次釜山浦南海大战，明军总共击沉倭军船只九百余艘，歼灭幕府部分主力水师，史称「露梁海战」。
致使少量未逃脱明军水师海上封锁的，倭军残部退到至山岛。
12月初8日，倭军残部开始渡海藏匿乙山，岩深道险，明军将士不能进入，明水师提督便派兵夜查，还围攻崖洞。
至天亮后发现目标便发炮攻击，倭军又逃奔后山，与巡查明军展开殊死奋战，几乎全部被屠杀殆尽，仅有数十位倭军逃走，还被明水师提督领兵追击，最终倭军残部无一人逃脱。
就这样万历倭援朝战争至此结束，明军入李氏朝鲜王国作战，历时七载，丧师数十万，糜饷数百万两白银，人力、物力损失巨大，但最终还是胜利的打败了倭军。
在倭寇逃遁归国后，除了明御倭副总兵：刘綎，收留了5百倭军编入本部火铳队之外，其余留在李氏朝鲜王国的倭军要么被杀、要么投降明军加入队伍。
而东征的大明军队本应无战事之后撤回国，但是李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴积威，再度报复？
于是上奏朝廷表示要苦留大明军队善后，朝廷经过商议决定留明都察院右副都御史兼朝鲜经略：万世德，与明义州卫镇抚使：李亟勋，率三千士兵继续驻守李氏朝鲜王国，其余明军全部调回大明帝国。
12月20日，在大明帝国南方，明四川总镇巡抚兼都察院左佥都御史：谭希思，正在重庆府綦江县、泸州合江县，一带设防拦截杨氏叛军，分别在合江县与綦江县各置游击将军一员，合江县募兵一千二百人扼守冈门，綦江县募兵二千人，扼守安稳。
怎奈前任明播州宣慰使：杨应龙，直接下令让明下赤水里长官使：袁鳌，绕开守卫明军，兵临合江县城下，抓捕出卖杨氏投降明军的前任明下赤水里长官使：袁子升，处以凌迟之刑。
此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反对，还要求前任明播州宣慰使撤掉袁鳌之位，改由袁子升长子：袁年，继任「下赤水里长官使」。
而刚刚即位的明下赤水里长官使：袁年，对于自己的杀父仇人近在咫尺却不能报仇，全因为有杨宣慰使的包庇，故此明下赤水里长官使才密切联系着上下赤水里长官使司相近的仁怀里王氏土司，打算监视播州宣慰使司的一举一动。
接着前任明播州宣慰使又命令士兵们，前去攻打，之前弹劾自己的明草塘安抚使：宋世臣，的父亲：宋銮，以及明黄平安抚使：罗承恩，等人，现藏在偏桥卫以及偏桥长官使司境内。
于是播州叛军们就袭击了偏桥卫与偏桥长官使司，还向明偏桥卫指挥使：陈天宠，索要境内两人，最终得到了宋銮、罗承恩及其下子女，均惨遭杀害。
12月28日，明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤）第五次来到京城朝贡大明天子，并送礼讨好文武百官，以麻痹朝廷与辽东都指挥使司的怀疑，方便下次继续攻打其余女真各部。
明万历二十七年公元1599年2月初7日，明贵州总镇巡抚兼都察院右佥都御史：江东之，下令明永宁宣抚使：杨国柱，明永宁卫指挥使：李廷栋，率兵三千剿播州宣慰使司。
叛贼首领：杨应龙，派遣长子：杨朝栋、弟弟：杨兆龙、叛贼大将：何汉良，等迎敌设伏于飞练堡。
明军一鼓作气歼灭三百叛军，结果叛军佯装败走天邦囤，诱导明军进入包围圈歼之，被俘后明永宁宣抚使：杨国柱，与明永宁卫经历使：潘汝资，骂贼不屈被处死。
2月21日，扈伦海西哈达女真部发生内讧，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，趁机劫掠哈达女真部。
这让哈达女真部贝勒：纳拉·猛骨孛罗，紧急向明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤，求援并表示愿将三个儿子送到建州女真八部作为人质，只请求建州女真三卫出兵击退叶赫女真东西两部。
于是明建州左卫军民指挥使就认为此乃天赐良机，便立即同意出兵。
而叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布扬古，得知此消息后，又马上给哈达女真部贝勒：纳拉·猛骨孛罗，写了一封信。