又将其余所有沿海地区的汉族百姓全部迁移到内陆地区，乃至定辽右卫派兵把守，一时间辽东都指挥使司沿海地区的百姓们，都是哭声震天、哀嚎遍野。
为了稳住辽南四卫地区百姓，就让后金复州卫总兵：刘爱塔（刘兴祚）、与二弟后金复州卫副总兵：刘兴基、三弟后金复州卫左参将：刘兴治、四弟后金复州卫右参将：刘兴贤、五弟后金复州卫千户：刘兴亮，这五兄弟全权负责稳定局面。
其中大哥后金复州卫总兵：刘爱塔，乃是后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，的侄女婿因此对他比较放心。
而后金复州卫总兵也比较卖力，毕竟辽南四卫大明汉人军民甚多，刚刚迁居到此的后金八旗子弟们又与大明汉人军民关系不合，因（剃发易服令）还镇压过一批人。
当然后金复州卫总兵也因为处理这个事情，而得罪了一大批后金八旗子弟，他们就认为后金复州卫总兵故意包庇大明汉人军民！
此矛盾还在不断升级，最终导致了后金复州卫游击将军：单荩忠，不服从他的管理，斩杀了后金招降人，并聚集了四万不愿意剃发者准备响应毛家军。
此事被后金复州卫总兵得知后大怒，但也不想贸然出兵得罪辽人，就上报给后金覆育英明天命汗，让他下令派兵征剿。
单游击将军自知不是后金的对手，连忙将城中百姓，全部迁渡到长山岛去躲避，等东虏建奴贼兵追来时，因不善水性，又遇风浪打坏两艘船只，淹死了许多人，便不敢继续追击。
只得让后金二等总兵：佟养性、后金三等总兵：李永芳，配合后金二贝勒他们同取镇江堡。
此时明定辽右卫副总兵：毛文龙，正在镇江堡内招降纳附，只见夜不收探马来报，有奴酋已收金盖复三卫军民，单游击将军已退入长山岛中。
听闻消息后毛副总兵仰天长叹道“这贼是断我归路，剪我羽翼，不久就来攻我部了。”
于是连忙吩咐城中百姓，有愿归降大明的，可即刻收拾行李，暂赴各岛屿安插，着明莱州卫守备：苏其民、明麻羊岛都司：张盘、明天津卫百户：李景先，分投船只装载，把百姓们散入猪岛、獐子岛、广鹿岛，等各处岛屿。
城中携儿挈女，担笼挑箱者络绎不绝，均有明军护送，还不许百姓自相抢劫，又行牌各船，火紧装载，不许索钱钞。
这时后金两位贝勒以及两位总兵相继追来，装有攻戎炮，又有铁骑数万，把镇江堡围成铁桶一般，口口声称要捉拿毛文龙，砍头祭旗。
城中军民，有二万余人都被运送至各岛，又有二万余人跟随毛副总兵逃去了李氏朝鲜王国，在城中的，只有老弱病残以及一些不原去的，再加上部分开城献功的。
然而大家并不知道后金二等总兵：佟养性，恨毛副总兵拿了他兄弟，眼下入城后又怪这些人反覆，今日降明、明日降夷，竟直接不分青红皂白就带着部下们一通乱砍，把城中老少尽数杀光，城内房屋几乎都被烧毁。
在明定辽右卫副总兵本部明军撤走后，而他也仅仅是带走了约为两三万人的难民和百姓，更多的辽东都指挥使司汉民们却俨然进入了人间地狱，包括镇江堡在内的所有归顺明军的城镇、堡垒，均无一例外的被后金军队给屠城。
仅镇江堡一地被屠戮的百姓，就有多达三万人之多。
之后再去追击毛家军时以无踪影，只从沿途百姓口中得知有大批明军往东过鸭绿江逃去，后金方面立即准备船只，还写信通知李氏朝鲜王国。
这一期间李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，在「萨尔浒之战」惨败后，对后金军可谓是有几分忌惮，所以收到书信后便决意联络后金，因而在明定辽右卫副总兵刚退到李氏朝鲜王国边境之时，李氏朝鲜郡王便立即派遣了李氏朝鲜平安西道节度使：郑遵、李氏朝鲜宁边大都护府使：朴烨，等引军出击。
配合后金军，在鸭绿江、长白山一线追缴毛家军的小分队。
在敌众我寡险境之下，明定辽右卫副总兵率部与优势后金军、李氏朝鲜军展开了海战和丛林游击战。
最终李氏朝鲜平安西道节度使、李氏朝鲜宁边大都护府使引后金军包围毛家军于林畔馆附近，双方进行了激烈战斗，一日七战，死伤相当。
其中明天津左卫副千户：丁文礼、明镇江堡守备：吕世举、明天津右卫号角官：李国保、明镇江堡千总：韩世卿、侄子明定辽右卫总旗：毛承儒，等将领力战而死。
还让明定辽右卫旗鼓官：刘印科、明登州卫旗鼓官：马蹶，被擒壮烈牺牲，但后金军也蒙受了很大损失，被迫撤兵。
事后明定辽右卫副总兵探得建奴贼兵已退去，而李氏朝鲜林眯馆一带尸横遍地，不是断脚，便是无头！这些追随而来的大明百姓，有的在被围时出走，有的则躲在深山里隐居，也有的逃不了干脆就混在死尸当中，剩下的不到万余人。
待处理好战死军民尸体后，明定辽右卫副总兵就去平安西道义州府，写书信痛骂李氏朝鲜平安东西道边防将领潜通奴酋，引兵杀害大明将领。
又送奏折去李氏朝鲜议政府，指责道“大明李氏朝鲜郡王背弃朝廷平倭之厚恩，却暗通东虏建奴，一起残害大明军民，还企图杀害本部麾下大明将吏。”
此刻李氏朝鲜王国议政府急差李氏朝鲜通事兼礼曹参判：朴弘文，再三前来辩解，说是边臣失事，无关王国！
但是明定辽右卫副总兵：毛文龙，却定要上本参奏，还要请登州卫、莱州卫、天津三卫的兵马前来讨罪，事情一度闹大。
当时李氏朝鲜议政府左参政：朴弘绪，只得计议道“朝鲜语：留他在此，毕竟为祸胎，还惹得奴酋前来骚扰，不如助他些兵粮，送他回岛，可以两全。”
随后又让李氏朝鲜礼曹参判来见，并说道“朝鲜语：殿下世受天朝大恩，却并无异志，看得本国海中，有一座皮岛，可以屯兵，可以耕种，情愿差人协助开辟，助其耕牛谷种屯田，若奴酋来攻，可发兵犄角。”
因此明定辽右卫副总兵才假意脱手答应。
于是李氏朝鲜方面便备办船只，送他们去到皮岛中，果然好一个所在。
而〈林畔馆之战〉后，明定辽右卫副总兵以皮岛、铁山都护府以及宽叆堡等地区为根据地，大量招募辽东都指挥使司难民，以老弱者屯种，精壮者为兵，从无到有，逐渐发展成为一支海外劲旅。
另一边的后金正蓝旗贝勒：爱新觉罗·德格类，与后金镶红旗固山额真：爱新觉罗·岳托、后金正红旗台吉：爱新觉罗·硕讬，一起攻击三岔河附近的明军。
还到海州卫附近巡视，负责海州卫城防的后金海州卫总兵：张乐舁，急忙抬着轿子出来迎接。
入城之时后金镶红旗固山额真下令后金士兵不得扰民，不得抢夺百姓的财物，还不能住在城里，更不能进入民居。
次日，派遣出去巡视三岔河的后金探哨回来禀报，称；桥梁被毁坏，且没有船只可以渡河，才放心率军回去。
另一边毛副总兵的镇江之捷，让明辽东总镇巡抚：王化贞，自以为是立了奇功？但明辽东总镇经略：熊廷弼，却反驳道“我军三方兵力尚未集结，文龙发动得太早了！致使敌人恨透了辽地的人民，势必会把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，更让李氏朝鲜君臣胆寒，还令河西军队丧气，也大大的扰乱了三方并进的计划，耽误了联络李氏朝鲜王国的打算，若把它看作是奇功，实际上则是奇祸呢！”
这本奏折竭力批评王总镇巡抚，等送到京城后朝臣们正把镇江堡一役看作是大捷时，一听到熊总镇经略的话，心中多有不服。
此外明辽东总镇经略又明显地攻击明兵部尚书：张鹤鸣，说道“本部院既然担任辽东总镇经略，那么四方援军理当由我调遣，而张尚书却径自发动，不让本部院知晓，七月里本部院向你兵部询问军队人数，至今已有两个月了，仍然没有回答，看来本部院是空有总镇经略之名，却无其实啊！辽左的战事都是张尚书和王总镇巡抚一起办的。”
这下明兵部尚书听了更加恼恨他了。
9月24日，明南海子提督：刘朝，命人痛下杀手，以至于明南海子净军：王安，其死状惨酷异常。
自此以后，在整个内廷后宫之中明奉圣夫人：客印月、明司礼监秉笔太监：魏忠贤（代替王安接任司礼监秉笔太监）初期魏忠贤不识字，本不能进入司礼监。
但因有明奉圣夫人为其求情，以及魏忠贤从小服侍明熹宗：朱由校，有了这些感情基础上，才破例让他总管司礼监。
再加上司礼监掌印太监位置空缺，因此魏忠贤便顺利接管过来，还把之前明南海子净军：王安，留在司礼监名下的诸位宦官，都逐一清除出宫，转而加派自己的人手，安插各方眼线。
同时明辽东总镇巡抚：王化贞，还上书详述了东西两边的情况，说道“敌人放弃辽阳卫不加守备，河东失陷地区的将士们日夜盼望官军开到，就等抓了敌将来投降，而西部的漠南蒙古察哈尔部都愿意以兵助我，敌人驻守海州卫的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已，如果派军队悄悄过去夜袭，势在必得，南防辽南四卫的敌军得知辽阳卫失守一定北归，届时我军凭借险要的地势，来打击他们惰归的军队，定可以一举歼灭。”
此举明兵部尚书：张鹤鸣，认为对，立马上书说“机不可失！”
就连明都察院贵州道监察御史：徐卿伯，也促成此事，奏请朝廷调派明辽东总镇经略：熊廷弼，进驻广宁卫，明蓟辽总督：王象乾，移驻山海卫附近调度。